O Conselho Científico é o órgão competente para dar parecer e elaborar estudos e propostas sobre os assuntos relacionados com a orientação científica e técnica do ensino universitário e da investigação.

O Conselho Científico é enquadrado pelo Regulamento da Academia Militar (artigos 21º e 22º), sendo composto pelo Comandante da Academia Militar e por mais vinte e quatro membros, na sua maioria detentores do grau de Doutor, incluindo os Chefes de Departamento Científico, Coordenadores Científicos e representantes do corpo docente e de investigação.